Otra opción mas para disfrutar tu visita a Peru es conocer Choquequirao, situada a los pies del venado Salkantay en el distrito de Santa Teresa, La Convención Cusco​, Fue un centro tanto cultural como religioso para la región. Presumiblemente esta ciudadela fue usada como una garita de control para asegurar el acceso a las áreas de Vilcabamba, que conectaba la selva con otros centros importantes como Pisaq y Machu Picchu. También se estima que la ciudadela jugó un importante papel sirviendo como nexo entre la selva amazónica y la ciudad imperial del Cusco.
Choquequirao es considerada uno de los últimos bastiones de resistencia y refugio de los Incas, quienes, por órdenes de Manco Inca, abandonaron la ciudad de Cusco para resguardarse en las ciudades de la región de Vilcabamba, cuando alrededor del año 1535 Cusco se encontraba sitiado por los españoles. Fue en este lugar (y en general en todo el valle de Vilcabamba) donde Manco y los demás Incas de Vilcabamba resistieron el embate de los españoles, hasta la captura y ejecución de Tupac Amaru I en 1572.
Los monumentos arqueológicos de Choquequirao están conformados por edificios y terrazas distribuidas en diferentes niveles, desde el nivel más bajo Sunch'u Pata hasta la cima truncada más alta, la cual fue nivelada y cercada con piedras para formar una plataforma con un área aproximada de 150 metros cuadrados.
Choquequirao es conocida como la "hermana sagrada" de Machu Picchu por la semejanza estructural y arquitectónica con esta. Recientemente, estando parcialmente excavada, ha despertado el interés del gobierno peruano por recuperar aún más el complejo y convertirlo en una alternativa más accesible para los turistas interesados en conocer más acerca de la cultura inca.